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运行费用以及管理安全等问题。确定工艺流程要依据医院的性质、处理要求、排污去向以及技术条件等因素。
医院污水处理流程的选择需要根据医院的规模、性质来选定。根据医院分类，分为传染病医院和综合医院。
医院污水处理后排放去向分为排入自然水体和通过市政下水道排入城市污水处理厂两类。
肇庆医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理的一级处理、二级处理和简易生化处理。
一、医院废水处理流程工艺选择原则；
1、传染病医院必须采用二级处理，并需进行预消毒处理。
2、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。
3、处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理。
4、对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理的一级处理。
二、医院污水处理流程；对于处理出水*终进入二级处理城市污水处理厂的综合医院，应加强其处理，提高细菌的去除率，减少消毒剂用量。
（1）加强一级处理宜通过两种途径实现：对现有一级处理工艺进行改造以加强去除和采用一级强化处理技术。
（2）工艺流程；对于综合医院(不带传染病房)污水处理可采用"预处理→一级强化处理→消毒"的工艺。通过混凝沉淀(过滤)去除携带病毒、病菌的颗粒物，提高消毒并降低消毒剂的用量，从而避免消毒剂用量过大对环境产生了不良影响。医院污水经化粪池进入调节池，调节池前部设置自动格栅，调节池内设提升泵。污水经提升后进入混凝沉淀池进行混凝沉淀，沉淀池出水进入接触池进行消毒，接触池出水达标排放。调节池、混凝沉淀池、接触池的污泥及栅渣等污水处理站内产生的垃圾集中消毒外运。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。
（3）工艺特点；加强处理的一级强化处理可以提高处理能力，可将携带病毒、病菌的颗粒物去除，提高后续深化消毒的并降低消毒剂的用量。其中对现有一级处理工艺进行改造可充分利用现有设施，减少投资费用。
（4）适用范围；加强处理一级强化处理适用于处理出水终进入二级处理城市污水处理厂的综合医院。
接触氧化法是一种兼有活性污泥法和生物膜法特点的一种新的废水生化处理法。其实质是在池内填充填料 ，已充氧的污水将填料 浸没全部，并以一定的流苏流经填料。靠填料上的微生物和悬浮在水中的微生物使得污染物得到净化。
一般来说，肇庆医院废水中复杂有机物物料比较多，通过厌氧分解分四个阶段加以降解：
01、水解阶段：高分子有机物由于其大分子体积，不能直接通过厌氧菌的细胞壁，需要在微生物体外通过胞外酶加以分解成小分子。废水中典型的有机物质比如纤维素被纤维素酶分解成纤维二糖，淀粉被分解成麦芽糖和葡萄糖，蛋白质被分解成短肽和氨基酸。分解后的这些小分子能够通过细胞壁进入到细胞的体内进行下一步的分解。
02、酸化阶段：上述的小分子有机物进入到细胞体内转化成更为简单的化合物并被分配到细胞外，这一阶段的主要产物为挥发性脂肪酸(VFA)，同时还有部分的醇类、乳酸、二氧化碳、氢气、氨、硫化氢等产物产生。
03、产乙酸阶段：在此阶段，上一步的产物进一步被转化成乙酸、碳酸、氢气以及新的细胞物质。
04、产甲烷阶段：在这一阶段，乙酸、氢气、碳酸、甲酸和甲醇都被转化成甲烷、二氧化碳和新的细胞物质。
这一阶段也是整个厌氧过程为重要的阶段和整个厌氧反应过程的限速阶段。厌氧生物处理：是在无氧气的情况下，
借厌氧微生物的作用来进行。厌氧细菌在把有机物降解的同时，需从CO2、NO3-、PO43-等中取得氧元素以维持
自身对氧元素的物质需要，因而其降解产物为CH4、H2S、NH3等。
